善化衛生所創立於民國四十年四月一日，原設在中山路三六八號善化鎮公所東側，至四十二年四月遷移至中山路二００號現址。

首任主任陳清桂於創立同時就職，第二任陳奎村於四十四年八月二十日辭職後，李忠誠於四十六年三月四日接任。七十年六月重建二層辦工大樓峻工。

李忠誠於七十年四月退休，七十年十月由黃再群接任，黃主任於七十六年轉任台南市衛生局課長。同年黃守正接任，至七十八年調任南化衛生所由陳銘興接任。陳醫師於八十三年離職後由陳子弘接任迄今。

善化鎮在荷據時期叫「目加溜灣社」，因在灣裡溪旁，故清朝時稱台南府安平縣灣裡街，設「巡司」統轄。台灣割日後，實施民政，改為「台南縣灣裡辦務署」。 1897年編入大目降辦務署，改為「灣裡辦務支署」，1899年實施街庄區制度，分善化里東區及西區，設區長統轄。1902年實施地方制度，兩區合併為「善化庄」，置庄役場，1940年升格為善化街，設街役場，台灣光復後改為「善化鎮」。
善化鎮位於台南縣中心，屬嘉南平原平坦地帶，放眼望去，盡是平疇沃野，縱貫鐵路、省公路，四通八達，交通甚為便利，而建設中的台南科學工業園區，其中半數面積在本鎮，未來前途一片光明。

地方業產有草莓、蔗田、花生、啤酒、水稻等，其中蔗糖及花生產量均為台南縣第一，而成功啤酒廠產量居全台之冠。

善 化鎮位於台南縣中心，北面以曾文溪環繞，與官田鄉、麻豆鎮接界，東部與山上鄉、大內鄉接連，西面與安定鄉交界，南面是南科所在地與新市鄉接壤，距台南市約二十公里，離新營縣治約二十二公里，正處於台南縣中心地段。